免疫共沉淀（Co-IP）是蛋白質相互作用研究的常用技術，原理是借助磁珠或瓊脂糖珠偶聯抗體，捕獲目標蛋白及其互作蛋白。 

高分文獻的Co-IP研究核心在于實驗設計：如何驗證互作特異性？怎樣通過分組對照揭示調控機制？復合物解析、修飾調控等不同研究目的，對應何種設計邏輯？ 

輝駿生物在本文深入解析Co-IP的底層設計思路，助你掌握符合高分研究范式的實驗設計與解讀能力，提升課題說服力與發表層次。

Co-IP 4大核心應用（覆蓋基礎驗證至高級篩選）： 1.  驗證已知蛋白互作 2.  質譜篩選未知互作蛋白（含下游蛋白、藥物靶點） 3.  解析多蛋白復合物組成 4.  探究翻譯后修飾對蛋白互作的調控

 Co-IP操作流程 

看CoIP實驗文獻時，你是否仍被復雜實驗設計繞暈：如何驗證互作特異性？外源因素對蛋白結合力的影響怎么設計實驗？多蛋白互作、結合結構域如何定位？甲基化 / 泛素化等修飾對互作的調控怎么驗證？

別急！Co-IP 文獻解讀進階篇來襲，輝駿生物在本文拆解高分文章經典實驗設計邏輯，輕松拿捏文獻解讀與實驗方案設計！

Co-IP解讀案例1 

前期已證實PRMT1與FBXO7存在互作，本實驗核心亮點在于敲除細胞系+正反拉蛋白的進階設計：跳出單純的存在性驗證，直擊二者結合量的量化分析，讓結論更嚴謹有力。 

shPRMT1后條帶變淺，表明結合量下降，驗證互作陽性；正反拉蛋白即分別以PRMT1、FBXO7為誘餌，捕獲對應互作蛋白。 這種組合設計是高分文獻驗證蛋白互作的經典范式，既能排除非特異性結合干擾，又能量化互作強度，值得直接借鑒。

圖1 Co-IP驗證PRMT1蛋白和FBXO7蛋白之間的結合量分析

想驗證1個誘餌蛋白與2個同標簽候選蛋白的互作？這組Co-IP實驗設計可直接抄作業！

 核心分組：①共轉Pit1-HA與RGA4-myc質粒；②共轉Pit1-HA與Pit2-myc質粒。

 設計亮點：Input驗證互為陰性對照——Input條帶清晰，證明3種目的蛋白均成功表達；且轉染RGA4-myc組無Pit2-myc條帶，轉染Pit2-myc組無RGA4-myc條帶，排除非特異性干擾。 IP結果解讀：HA抗體下拉Pit1-HA時，僅②組富集到Pit2-myc，①組無RGA4-myc條帶，直接證實Pit1與Pit2特異性互作、與RGA4無互作。 

“1誘餌+多候選+陰性對照內置”的設計，高效解決同標簽候選蛋白互作驗證難題，科研人直接照搬提效！

 Co-IP解讀案例3 

Co-IP機制研究神設計！探究外源因素對蛋白結合力的影響，直接抄文獻方案！想明確蛋白、藥物等外源因素對蛋白互作的調控作用？這套高分文獻同款設計輕松搞定！ 

實驗分組（4對照+2實驗）： 

對照組：①空白組 ②僅轉Flag-MVP ③僅轉HA-ASK1（誘餌） ④僅轉His-TRAF6（互作蛋白）

 實驗組：⑤共轉HA-ASK1+His-TRAF6（驗證基礎互作） ⑥共轉Flag-MVP+HA-ASK1+His-TRAF6（探究MVP調控作用） 

關鍵前提：Input驗證所有目的蛋白均成功表達。 

結果解讀：HA抗體下拉HA-ASK1后，⑤組檢測到His-TRAF6（證實基礎互作）；⑥組His-TRAF6條帶消失，證明過表達MVP顯著抑制二者結合。 

“多對照+基礎互作+調控組”三層設計，精準排除假陽性、鎖定調控效應，是蛋白互作機制研究的經典范式，科研人直接照搬讓實驗更嚴謹！

圖3 Co-IP驗證Flag-MVP蛋白對HA-ASK1和His-TRAF6蛋白結合力的的影響

 Co-IP解讀案例4 

Co-IP 定位蛋白結合結構域！文獻高頻截短體策略，精準鎖定互作關鍵區域！想明確蛋白互作的核心結構域？這套高分方案直接用！

實驗設計：誘餌蛋白 Flag-AATF（含全長 + 不同截短體），互作蛋白 XRCC4；對照組轉染 Flag 空載體，排除標簽干擾。

關鍵前提：Input 驗證證實 AATF 全長、各截短體及 XRCC4 均成功表達，排除假陰性。

結果解讀：Flag 抗體下拉后，全長組可檢測到 XRCC4 條帶；缺失 331-380 氨基酸的截短體組無條帶，直接鎖定AATF 的 331-380 結構域是二者互作關鍵靶點。

“全長 + 截短體”Co-IP 設計，是蛋白結合結構域定位的金標準，助力機制研究更深入！

 Co-IP解讀案例5 

Co-IP解鎖甲基化調控！**敲除細胞系+IP驗證**，精準揭示蛋白修飾機制！想探究蛋白對目標蛋白甲基化的調控作用？這套高分方案直接抄！

 實驗設計：在Huh7、PLC/PRF/5細胞中，構建FBXO7敲除組（shFBXO7）與對照組（shScramble，無靶向性），通過敲除后對比探究FBXO7對PHGDH甲基化的影響。 

關鍵驗證：WCL檢測證實目的蛋白均表達，IB顯示shFBXO7組FBXO7條帶顯著減弱，敲除細胞系構建成功。 

結果解讀：PHGDH抗體下拉后，甲基化位點特異性抗體檢測顯示—shFBXO7組PHGDH甲基化條帶更深，且PHGDH本底表達無變化，證明FBXO7敲除不影響其合成，僅特異性促進甲基化。

結論：FBXO7負向調控PHGDH甲基化！“敲除細胞系+Co-IP+修飾位點檢測”組合設計，排除干擾、精準量化，助力機制研究更具說服力～

 Co-IP解讀案例6 

Co-IP解析泛素化機制！**突變體+回復實驗**，精準鎖定泛素化關鍵位點！想探究蛋白泛素化調控機制與關鍵修飾位點？這套教科書級設計直接抄！ 

核心要素：KR（GFP-PRMT1泛素化位點突變體）、HA-Ub（泛素標簽）、MG132（阻斷泛素降解）；IP下拉GFP-PRMT1，IB檢測泛素化水平與蛋白本底。 

結果解讀：① shFOBX7組HA-Ub條帶變淺、GFP條帶不變，證明敲除FOBX7特異性抑制PRMT1泛素化；② 回補Flag-FOXB7后泛素化恢復，反向驗證FOBX7是正向調控因子；③ K37R突變體無法恢復泛素化，鎖定K37是PRMT1泛素化核心靶點。 

“抑制+回復+突變體篩選”三重驗證，明確調控關系、定位關鍵位點，讓實驗邏輯拉滿！

IP/Co-IP實驗設計有疑問？歡迎咨詢輝駿生物技術人員！輝駿生物提供全面的蛋白互作實驗服務，涵蓋了Co-IP、RIP、RNA pull down、ChIP、DNA pull down等多個領域。這些實驗服務能夠滿足不同科研人員的需求，無論是基礎研究還是臨床應用研究，都能在這里找到合適的解決方案。

此外，輝駿生物為蛋白互作實驗服務配套了各類專用試劑盒。試劑盒經過我們精心研發和優化，具有高靈敏度、高特異性和良好的重復性等特點。不同的試劑盒適用于不同的實驗類型和樣本類型，為您的實驗提供有力的支持。輝駿生物各類互作試劑盒能夠在保證實驗效果的前提下，最大程度地減少樣本的使用量，避免樣本的浪費。

 CoIP實驗參考文獻 

[1] Mi L, Cai Y, Qi J, et al. Elevated nonhomologous end-joining by AATF enables efficient DNA damage repair and therapeutic resistance in glioblastoma. Nat Commun. 2025;16(1):4941.

[2]Liu, Qingling., Pan, Junlu., Bao, Linrui., Xu, Chunxiang., Qi, Yu..  Major Vault Protein Prevents Atherosclerotic Plaque Destabilization by Suppressing Macrophage ASK1-JNK Signaling. Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology, 2022, 42(5):580-596.

[3]Luo L, Wu X, Fan J, et al. FBXO7 ubiquitinates PRMT1 to suppress serine synthesis and tumor growth in hepatocellular carcinoma. Nat Commun. 2024;15(1):4790. Published 2024 Jun 5. 

[4]Li Y, Wang Q, Jia H, et al. An NLR paralog Pit2 generated from tandem duplication of Pit1 fine-tunes Pit1 localization and function. Nat Commun. 2024;15(1):4610. Published 2024 May 30. 

[5]Liu Q, Pan J, Bao L, et al. Major Vault Protein Prevents Atherosclerotic Plaque Destabilization by Suppressing Macrophage ASK1-JNK Signaling. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2022;42(5):580-596.