ChIP染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)簡(jiǎn)介

ChIP（chromatin immunoprecipitation assay, 染色質(zhì)免疫共沉淀）是研究體內(nèi)DNA與蛋白結(jié)合的重要技術(shù)，主要包括ChIP-qPCR和ChIP-seq兩種；其中ChIP-qPCR用來(lái)驗(yàn)證與目標(biāo)蛋白結(jié)合的已知DNA片段，ChIP-seq用來(lái)篩選與目標(biāo)蛋白結(jié)合的未知DNA片段。

先用甲醛交聯(lián)細(xì)胞內(nèi)“蛋白-DNA”復(fù)合物，并用超聲波破碎DNA至適合的長(zhǎng)度。細(xì)胞裂解后，孵育結(jié)合了抗體的珠子，誘餌蛋白通過(guò)其抗體便結(jié)合到了Beads上，同時(shí)和誘餌蛋白互作的DNA，也一起沉淀到Beads上。洗滌掉未結(jié)合的DNA后，再用洗脫液將DNA-蛋白復(fù)合物從Beads洗脫下來(lái)，便得到染色質(zhì)免疫共沉淀產(chǎn)物。DNA-蛋白復(fù)合物去交聯(lián)后，既可qPCR檢測(cè)已知DNA片段，也可用二代測(cè)序與蛋白互作的DNA片段。

當(dāng)沒(méi)有合適的誘餌蛋白抗體時(shí)，可以通過(guò)表達(dá)融合了flag標(biāo)簽的誘餌蛋白，利用flag標(biāo)簽做免疫沉淀。即細(xì)胞過(guò)表達(dá)Flag-Bait，經(jīng)裂解后與anti-Flag珠子孵育，誘餌融合蛋白與Beads結(jié)合，與誘餌融合蛋白互作的DNA“共沉淀”到Beads上，再經(jīng)洗滌、洗脫后做qPCR或NGS測(cè)序。

CHIP染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)外包-輝駿服務(wù)優(yōu)勢(shì)

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Chip染色質(zhì)免疫沉淀實(shí)驗(yàn)流程

不帶標(biāo)簽的染色質(zhì)免疫共沉淀流程圖

帶標(biāo)簽的染色質(zhì)免疫共沉淀流程圖

Ch-IP染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)技術(shù)應(yīng)用背景

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染色質(zhì)免疫共沉淀chip實(shí)驗(yàn)服務(wù)信息

ChIP染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)外包樣本要求

▲注意：這里列出的均為每組樣本的送樣量，如果實(shí)驗(yàn)和對(duì)照組用的樣本一致，此樣本量*2。詳細(xì)送樣指南可聯(lián)系輝駿生物客服或銷(xiāo)售索取。

 保存及運(yùn)輸：-80℃保存，干冰取樣/運(yùn)輸，至少在送樣前2天通知我司。

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chip實(shí)驗(yàn)技術(shù)研究案例—輝駿生物客戶文章解析

Zhuang Q. et al: NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming. 

Nature Cell Biology. 2018. (IF=28.824)

NCoR/SMRT與c-MYC共同抑制體細(xì)胞重編程

研究概述

Ncor1(編碼NCoR)和Ncor2(編碼SMRT)在小鼠胚胎成纖維細(xì)胞(MEF)、胚胎干細(xì)胞(ESC)和OSKM重編程細(xì)胞中均有表達(dá)，無(wú)論用怎樣的轉(zhuǎn)導(dǎo)方法、報(bào)告系統(tǒng)、MEF類(lèi)型或培養(yǎng)基，抑制Ncor1/2的表達(dá)都能增強(qiáng)OSKM誘導(dǎo)的重編程，這是因?yàn)?span style="font-family: 微軟雅黑, " microsoft="" font-size:="" text-align:="">NCoR/SMRT–HDAC3共抑制復(fù)合物通過(guò)與OSKM因子（尤其是c-MYC）相互作用為重編程制造障礙，這一發(fā)現(xiàn)揭示了c-MYC在重編程中的雙重作用，也有助于解釋為何用OSKM而非OSK誘導(dǎo)重編程更容易產(chǎn)生pre-iPSCs，以及為何用HDAC抑制劑對(duì)OSKM而非OSK誘導(dǎo)的重編程能產(chǎn)生更強(qiáng)的效果等問(wèn)題。

研究路線

蛋白組/代謝組實(shí)驗(yàn)

? iTRAQ 定量蛋白質(zhì)組學(xué)

? Label Free 實(shí)驗(yàn)檢測(cè)服務(wù)

? LC-MS/MS 蛋白質(zhì)譜鑒定

? DIA 全息掃描定量蛋白質(zhì)
? 廣泛靶向代謝組學(xué)

蛋白/核酸相互作用實(shí)驗(yàn)

? GST pull down

? RNA pull down

? DNA pull down

? Co-IP 免疫共沉淀

? TAP-MS串聯(lián)親和純化

分子細(xì)胞生物學(xué)實(shí)驗(yàn)

? 基因調(diào)取/合成 (cDNA克隆)

? 熒光定量PCR (qPCR)

? 載體構(gòu)建實(shí)驗(yàn)服務(wù)

? miRNA靶基因驗(yàn)證
? 慢病毒包裝

科研產(chǎn)品

? 哺乳動(dòng)物細(xì)胞表達(dá)載體

? 人cDNA克隆庫(kù)

? 慢病毒表達(dá)載體

? 慢病毒干擾載體

抗體工程服務(wù)

? 單克隆抗體測(cè)序

? 抗體從頭測(cè)序

? 抗體表達(dá)服務(wù)

? 重組抗體表達(dá)

實(shí)驗(yàn)試劑盒

? RNA pull down 試劑盒

? GST pull down 試劑盒

? COIP 試劑盒

? Flag 試劑盒

輝駿實(shí)力

輝駿生物提供的ChIP染色質(zhì)免疫共沉淀服務(wù)分為以下兩種：

1. ChIP qPCR，用于檢測(cè)某樣本中的誘餌蛋白和待測(cè)DNA片段是否結(jié)合；

2. ChIP seq，用于篩選某樣本中的誘餌蛋白可以結(jié)合哪些DNA區(qū)域。

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ChIP服務(wù)優(yōu)勢(shì)*輝駿生物

染色質(zhì)免疫共沉淀ChIP樣本要求

1. 送樣量要求

▲注意：這里列出的均為每組樣本的送樣量，如果實(shí)驗(yàn)和對(duì)照組用的樣本一致，此樣本量*2。詳細(xì)送樣指南可聯(lián)系輝駿生物客服或銷(xiāo)售索取。

2. 樣本保存和運(yùn)輸要求：

（1）客戶收集細(xì)胞前需要先進(jìn)行甲醛交聯(lián)，之后收集細(xì)胞沉淀，用PBS清洗干凈后，離心去掉液體，先放入液氮中速凍，再轉(zhuǎn)移至-80℃冰箱中保存；廣州市內(nèi)的客戶也可以提供活細(xì)胞（常溫運(yùn)輸，如果冬天溫度較低可以用37℃復(fù)溫的冰袋保存），我方交聯(lián)；

（2）樣本一定要做好標(biāo)記，應(yīng)用油性防凍記號(hào)筆或標(biāo)簽紙?jiān)诠苌献⒚鳂颖久Q(chēng)或編號(hào)；

（3）樣本較多或需要分批做，要將樣本分裝；

（4）干冰取樣/運(yùn)輸；需要至少在送樣前一天通知我方。

Chip實(shí)驗(yàn)結(jié)果示例

ChIP qPCR檢測(cè)數(shù)據(jù)

  ChIP組相對(duì)于input組的富集圖（% input）

ChIP組相對(duì)于IgG組的富集圖

ChIP實(shí)驗(yàn)客戶文章

1.Zhuang Q. et al: NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming. Nature Cell Biology.2018，IF=17.728. 【研究?jī)?nèi)容】：客戶通過(guò)RNA-seq證明了NCoR/SMRT共抑制子與多能位點(diǎn)結(jié)合，IP實(shí)驗(yàn)、ChIP-qPCR分析進(jìn)一步表明，NCoR/SMRT-HDAC3復(fù)合物在OSKM重編程中誘導(dǎo)組蛋白去乙酰化的多能位點(diǎn)。ChIP-seq分析發(fā)現(xiàn)，NCoR/SMRT中還存在著一個(gè)c-MYC結(jié)合基序。研究揭示了NCoR/SMRT共抑制子在重編程中的作用，并提出了c-MYC在這一過(guò)程中的雙重功能。 使用相關(guān)技術(shù)：染色質(zhì)免疫共沉淀ChIP、chip qpcr實(shí)驗(yàn)

2.Wang R.H. et al: A requirement for breast-cancer-associated gene 1(BRCA1) in the spindle checkpoint. PANS. 2004，IF=9.58. 【研究?jī)?nèi)容】：研究表明BRCA1缺陷型細(xì)胞的有絲分裂受到影響，存在紡錘體檢查點(diǎn)缺陷。客戶檢測(cè)和紡錘體檢查點(diǎn)密切相關(guān)的幾個(gè)基因，發(fā)現(xiàn)BRCA1缺陷型Mad2基因表達(dá)水平變化明顯，由此推測(cè)BRCA1是通過(guò)影響Mad2的表達(dá)，從而影響有絲分裂的。DNA pulldown及ChIP-qPCR實(shí)驗(yàn)證實(shí)了BRCA1可以和Mad2啟動(dòng)子結(jié)合，進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)BRCA1確實(shí)上調(diào)Mad2從而影響有絲分裂。 使用相關(guān)技術(shù)：chip技術(shù)服務(wù)、染色質(zhì)免疫共沉淀ChIP-seq

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染色質(zhì)免疫共沉淀試劑盒（ChIP試劑盒）簡(jiǎn)介

染色質(zhì)免疫共沉淀ChIP是研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)結(jié)合的技術(shù)。先用甲醛交聯(lián)細(xì)胞內(nèi)的“蛋白-DNA”復(fù)合物，裂解細(xì)胞后，用超聲波破碎DNA至適合的長(zhǎng)度，采用特異性抗體捕獲細(xì)胞內(nèi)的誘餌蛋白及其結(jié)合的DNA片段，再加入protein G樹(shù)脂沉淀“抗體-誘餌蛋白-結(jié)合DNA” 復(fù)合體，隨后將蛋白與DNA解交聯(lián)，提取結(jié)合的DNA。該DNA可用于后續(xù)的定量PCR檢測(cè)（qPCR）或高通量測(cè)序（seq）。

chip檢測(cè)試劑盒產(chǎn)品應(yīng)用

基因表達(dá)是一個(gè)復(fù)雜、調(diào)控有序的過(guò)程，DNA與蛋白質(zhì)的相互作用是基因轉(zhuǎn)錄起始和調(diào)控的關(guān)鍵。ChIP（染色質(zhì)免疫共沉淀）是檢測(cè)體內(nèi)條件下DNA與蛋白質(zhì)相互作用的方法，用于驗(yàn)證或?qū)ふ遗c已知蛋白結(jié)合的DNA序列。以下列舉了可應(yīng)用ChIP試劑盒的幾個(gè)研究方向：

chip染色質(zhì)免疫共沉淀試劑盒組分

ChIP試劑盒—輝駿生物產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)

1. 優(yōu)化的proteinG或proteinA/G beads與抗體親和效率高，抗體用量少。

2. 操作簡(jiǎn)便，周期短，適合初學(xué)者。

3. 品質(zhì)好，實(shí)驗(yàn)結(jié)果穩(wěn)定。

4. 適配后續(xù)qPCR和高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)。

ChainFree^TM系列ChIP試劑盒-輝駿生物產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)